En BioShock 2 se abren nuevas posibilidades en lo que a armas respecta, ya que al ser un Big Daddy es posible manejar armas propias de ellos. Como en BioShock, cada arma cuenta con tres modificaciones que se podrán realizar en terminales Poder para el pueblo. Estas son limitadas, por lo que no es posible obtener todas las modificaciones para todas las armas y hay que elegirlas según preferencias.
- Perforadora: el arma principal del juego, arma cuerpo a cuerpo que podrá ser utilizada de dos maneras: usando el combustible para hacerla girar o dando un golpe seco. Funciona de modo parecido a la llave inglesa del primer juego. Al avanzar en la historia se conseguirá un tercer tipo de ataque que consiste en una embestida contra los enemigos que suele ser bastaste efectivo. Esta arma se obtiene al empezar el juego, y acompañará durante toda la aventura. Se recomienda combinar este arma con el plásmido ElectroRayo, ya que es extremadamente útil. Cuenta con tres mejoras, una para reducir la cantidad de combustible que consume, otra para aumentar el daño y la última para que al hacer girar la taladradora, esta repela las balas enemigas.
- Remachadora: un arma obtenida al avanzar un poco en la historia. Es de uso parecido a la pistola del primer juego, pero con más munición y más precisa. Cuenta con diferentes tipos de munición: la normal, los remaches trampa que se pueden colocar en casi cualquier superficie y al pasar por encima los splicers explotan y los remaches pesados, que causan más daño que los normales y son efectivos contra enemigos como los Big Daddies, que tienen una protección extra. Sus mejoras como en todas las armas son tres: una para que aumente la capacidad de daño de la remachadora, otra que aumenta el cargador permitiendo llevar más remaches, y la última que hace que los remaches salgan ardiendo y que tras varios impactos los enemigos ardan. En el online tiene munición ilimitada, pero hay que cuidarse de que no se recaliente.
- Ametralladora (basada en la ametralladora Gatling): arma de gran cargador y de gran cadencia de disparo, pero de escasa precisión, aunque ayudará a salir de muchos apuros. Más dañina que la ametralladora del 1, más munición, pero es muy imprecisa.
- Escopeta (basada en la Ranger): tarda menos que la del 1 en recargar pero contiene menos balas. Sin embargo, hay una mejora que aumenta las balas de 2 a 6.
- Lanza-arpones: instrumento usado para la caza deportiva subacuática. Sustituye a la ballesta del juego original. Es mucho más precisa, dañina y rápida, siendo quizás la mejor arma del juego.
- Lanzagranadas: muy parecido al del 1, solo cambia en diseño.
- Pirateadora automática: permite piratear a distancia y lanzar unos minibots muy peligrosos.
- Cámara de investigación: no es un arma, pero funciona como tal. Nos sirve para investigar enemigos y obtener diversas bonificaciones contra ellos. A diferencia de la vista en el primer juego, esta funciona con vídeo.
BioShock 2 Multijugador[]
La mayoría de las armas del primer BioShock regresan para ser usadas por los combatientes de la guerra civil. Hay algunas opciones nuevas y las originales reciben cambios para balancear la jugabilidad. Ninguna de las siguientes armas están disponibles para el jugador en el juego base, a excepción de la remachadora que recibe aquel que se convierta en Big Daddy.
- Armas cuerpo a cuerpo: representa el regreso de la llave inglesa como arma jugable, además de la inclusión de nuevas herramientas y trastes que se pueden usar con la misma finalidad. En general todos los objetos son iguales.
- Pistola: el Webley Mk IV del juego original regresa casi intacto. Tiene algunas mejoras disponibles, pero no mucho más.
- Ametralladora: el subfusil Thompson regresa también. Usa el diseño original del arma visto en la versión de Bioshock sin remasterizar.
- Escopeta: la escopeta de bombeo también regresa. De nuevo, es igual al modelo original.
- Lanzagranadas: usa proyectiles en forma de parábola como en el primer juego. Es de las pocas armas (si no es que la única) que trae de regreso sus municiones especiales.
- Ballesta: la capacidad de flechas usadas es reducida a 4, por lo que se debe cuidar bien cuantas tienes a tiro.
- Pistola de clavos: parece una ametralladora Gatling, solo que en un tamaño reducido y con la munición improvisada que son los clavos. Tiene una gran cadencia y daño que no altera en exceso su precisión, pero tarda unos segundos en encender su batería.
- Rifle Elefante: se trata de una escopeta doble cañón que usa munición de postas en lugar perdigones. Su daño es increíble y su precisión casi infalible.